A ginecomastia fisiológica acontece principalmente em 3 períodos principais da vida do homem: logo após o nascimento, na adolescência e na andropausa. A causa é chamada de fisiológica porque não há um fator causal responsável pela ginecomastia, como por exemplo uma doença ou medicamento, mas sim alterações do próprio organismo e que são normais para cada fase da vida.
No recém nascido o aumento das mamas é muito comum e se dá pela grande quantidade de hormônios femininos (estrógenos) que passaram da mãe para o bebê no final da gestação. Estes homônios são responsáveis pelo estímulo do crescimento do tecido mamário no período neonatal.
A adolescência é uma fase de muitas mudanças tanto psicológicas quanto físicas que culminam na transformação do menino para o jovem. Nesta fase os testículos ainda são imaturos e há extrema oscilação nos níveis hormonais do organismo, os quais podem provocar a ginecomastia.
A andropausa também é uma fase de muitas alterações no corpo do homem, este passa a perder massa muscular, aumenta a quantidade de gordura corporal e os testículos sintetizam menos hormônios masculinos. A queda nos níveis de testosterona e um aumento nos níveis da estrógenos é a principal causa da ginecomastia após os 55 anos de idade.